Le sous-secteur artisanal de la transformation est le plus important (exprimé en nombre d’entreprises). Les entreprises les plus importantes sont regroupées au sein de la Fédération Nationale des Transformateurs du Secteur Agroalimentaire (FENATRA) qui en 2005-2006, a établi un répertoire en fonction des types de produits et des régions.
Il a été recensé 254 unités de transformation des produits locaux dont 29% dans le seul District de Bamako, 15% dans la région de Koulikoro, 10% à Sikasso et Gao, 9% à Ségou, 8% à Mopti et Kidal, 7% à Kayes et 6% à Tombouctou.
En fonction des filières concernées : 37% des 254 unités traitent les céréales, 37% les fruits et légumes, 15% les produits animaux, 11% les filières oléagineuses.
Par conséquent, il est loisible de constater que la plupart des unités de transformation est localisée dans le District de Bamako et dans la région de Koulikoro (proche de Bamako).
Ces deux entités administratives totalisent plus du tiers des entreprises du secteur agroalimentaire du Mali.
Selon une enquête effectuée par YIRIWA CONSULTING en Mars 2007, les résultats ont démontré que : la plupart des transformateurs travaillent dans le secteur informel.
Ils privilégient les structures juridiques qui n’exigent pas de capital et qui sont moins contraignantes en gestion : entreprise individuelle (33%), coopérative (25%) et le groupement ou association (23%).
Le GIE et la société sont moins courants ; ce sont en général des micros et petites entreprises : le niveau de l’investissement réalisé (généralement financé sur fonds propres) varie de moins de 100 000 FCFA à 30 millions FCFA. La moyenne de l’effectif du personnel permanent est de 7,76 travailleurs par entreprise, le minimum étant de 1 employé et le maximum de 40 ; tandis que la majorité des entreprises n’emploie que deux salariés permanents.